महबूबा की शादी 1984 में रिश्ते में अंकल लगने वाले जावेद इकबाल शाह से हुई थी. हालांकि वो अपनी बेगम से सात साल छोटे थे. रिश्ते में मरहूम मुफ्ती मोहम्मद, इकबाल शाह के फर्स्ट कजिन थे. महबूबा उस समय श्रीनगर यूनिवर्सिटी में एलएलबी पूरा करने वाली थीं, वहीं शाह नए-नए यूनिवर्सिटी में पहुंचे थे. दोनों में प्यार हो गया. शाह ने दो साल पहले कोलकाता के अंग्रेजी दैनिक द टेलिग्राफ से बातचीत में बताया था, ‘प्यार की ये पहल मेहबूबा की ही ओर से हुई. उन्होंने मुझे प्रोपोज किया'”
